А как можно вопрос возврата суммы закрыть?!
Я бы рекомендовал сначала пробовать во внесудебном порядке (даже с учетом того, что производство уже открыто, это исправимо). Выйти на связь с заказчиком, пояснить, что в его позиции не все идеально, что штрафными санкциями он Вас все равно не накажет, ну и предлагать со своей стороны какие-то варианты - провести какие-то работы, но по их завершению обязательно составить акт, о котором мы говорили в начале.
Вначале вы упомянули, что платеж заказчик не планировал отражать в своем балансе - тоже используйте, угрожайте налоговой, или, если нет чеков, могут быть и другие альтернативы) Пробуйте склонить в мирному решению конфликта, возможности у Вас есть - если нужно, надавливайте.