Оплачивать нужно так, как прописано в Вашем договоре на предоставление коммунальных услуг. В том случае, если его условиями предусмотрено перечисление за водоснабжение на реквизиты расчетного центра, то условия договора обязательны для исполнения сторонами. Если под "отельными" квитанциями имелись в виду "отдельные" - теоретически, это возможно, но с учетом вышеизложенного, это не принципиально.