Материальная ответственность может наступить и без указания на это в трудовом договоре. Разница только в размере этой ответственности. Полная - при определенных обстоятельствах, перечисленных в ТК (в т.ч. и при заключении договора о полной мат.ответственности (если такой договор можно заключать по конкретной должности и работе)), в пределах среднемес.з.п. - в иных, если работник своим действием (бездействием) нанес работодателю ущерб. При этом РД обязан провести расследование и выявить, почему произошел ущерб, размер ущерба и есть ли в этом вина работника (+запросить с него объяснительную). Также учитывается нормальный хоз.риск (т.е., н-р, всегда есть ситуация, когда товар не будет распродан и, естественно, он окажется просроченным - может, лучше закупить больше, чем если товара не будет хватать для покупателя или именно в этот конкретный период покупат.деятельность почему-то снизилась - я не знаю нюансы торговой деятельности) и т.п., при котором мат.ответственность с работника снимается.
Решение РД о взыскании мат.ущерба можно оспорить.
Так что смотрите - есть ли в Ваших действиях вина, что РД был нанесен ущерб или есть ли со стороны РД нарушение в проведении расследования для привлечения работника к мат.ответственности.