Регистрация в качестве ИП никак не ограничивает ваши трудовые права - заключайте трудовой договор хоть с госучреждением, хоть с ООО, хоть с ОАО. Налоги платит работодатель. Вам все равно придется платить самостоятельно свои налоги и взносы в ПФР до тех пор, пока вы не снимитесь с учета как ИП.