El_Marino, без его согласия и заявления снять с рег. учета можно только в судебном порядке. В вашем случае - на основании решения суда о признании его утратившим право пользования ж/п. Если он фактически проживает, то заявляете требования о прекращении его права пользования и выселении. Если суд ваш иск удовлетворяет, то берете решение суда и несете его в ОУФМС, где бывшего супруга снимут с рег. учета (в административном порядке, на основании решения суда).
Исковое заявление подаете в районный суд по месту нахождения квартиры. К иску прикладываете свидетельство о гос. регистрации права собственности (если есть), свидетельство о праве на наследство, выписку из домовой книги или ЕЖД, квитанцию об оплате гос. пошлины, еще один экз. иска для ответчика, иные документы, которые посчитаете нужным. Если готовите письменные ходатайства, то и их тоже.