Не рассмотренные судом доп заявленные требования и срок исковой давности

#1
Уважаемые коллеги!
Заявитель обжаловал в суд в целом решение по доначислению штрафных санкций и пени, принятое контролирующим органом решение по итогам проведения тематической проверки.
Заявитель также воспользовался предоставленным ему законом правом заявить уже непосредственно на стадии судебного разбирательства ходатайство о дополнении заявления новыми требованиями, связанными, в частности, с нарушениями порядка приостановления и возобновления тематической проверки.
Суд первой инстанции, не взирая на имеющиеся в материалах дела платежные документы о значительной переплате заявителем суммы государственной пошлины, которой хватало не только на оплату основного требования, но и дополнительно заявленных им требований, все-же отказался именно рассматривать и принимать решение по дополнительно заявленным требованиям именно по мотиву недоплаты этих требований государственной пошлиной, о чем прямо указал в мотивировочной части решения по делу. Суд апелляционной инстанции поддержал его решение в этой части.
Теперь заявителю не остается ничего иного, как подать новое заявление с этими не рассмотренными дополнительными требованиями.
Но тут возникает опасность того, что представитель контролирующего органа может на стадии подготовки заявить о применении трехмесячного срока исковой давности.Тогда всем потугам конец.
Как же выйти из ситуации? Может быть, есть идеи?