Здравствуйте. Гражданин России будет осуждён судом Японии за преступление, совершенное на территории Японии, и отбывать наказание будет в Японии. Если будет осуждён к лишению свободы, то скорее всего будет отбывать наказание в тюрьме для иностранных граждан в Токио.