Андрей Витушко, здравствуйте. Каких-то супер-драконовских мер бояться нечего, т.к. ст.120 НК РФ с ее санкциями вам не грозит. Главное, чтобы первичный учет был цел, это нужно для восстановления КДиР. В данной ситуации вы можете завести новую Книгу и при необходимости заверить ее в ФНС.