Markyn, Добрый день. Т.к. ваша квартира находилась в собственности менее 3-х лет, то вы действительно будете обязаны будете заплатить подоходный налог. Для того, чтобы с уплачиваемой суммы получить вычет, вам необходимо указать при подаче декларации факт продажи квартиры и приложить документы, подтверждающие данный факт.
Дело в том, что вычет с продажи, в отличии от вычета с покупки (возврата НДФЛ) предоставляется гражданам неограниченное количество раз, и пользоваться им можно и нужно каждый раз, продавая недвижимость. Более того, если квартира будет стоит 1 млн. и менее, то с помощью указанного вычета можно свести налоговую базу полностью к нолю.