Здравствуйте.
В статье 57 ТК РФ есть текст "в трудовом договоре могут предусматриваться дополнительные условия, не ухудшающие положение работника по сравнению с установленным трудовым законодательством..."
Думаю, что оплата проезда к месту работы и обратно как раз является одним из таких условий - оно не ухудшает положения работника, но улучшает их и не противоречит действующему законодательству.
А уже как именно решать этот вопрос - забота самого предприятия. Некоторые делают несколько иначе - заключают с транспортной компанией договор и автобус делает по известному расписанию рейсы только для сотрудников этого предприятия, другие требуют с работников использованные билеты на транспорт для отчётности и уже согласно им выдают компенсацию.
Что касается налогообложения, то считается, что работники в этом случае получают доход и он должен быть облагаем налогом.
В случае же, если общественного транспорта до предприятия нет, то оплата автобуса для них не является экономической выгодой.