Здравствуйте.
Да, все налоги и сборы, которые должны платить индивидуальные предприниматели, сейчас можно платить через Интернет, без визита, собственно, в отделение контролирующей организации.
Если речь идёт непосредственно о налогах, то во-первых, нужно узнать реквизиты для оплаты - так как в разных субъектах федерации они различаются. Собственно, эти данные можно узнать и на сайте самой ФНС.
Далее нужно уплатить сумму (которую вы вычисляете самостоятельно) любым удобным для вас способом - например, через интернет-банкинг. Очень желательно при этом иметь и хранить документ, подтверждающий уплату налогов - на предмет возможных проверок и конфликтов (например, банк не перечислил деньги в ФНС).
Декларацию 3-НДФЛ вы можете заполнить и подать в ФНС как в бумажном, так и в электронном виде - оба варианта являются совершенно равнозначными.
Другие обязательные платежи (взносы в ФФОМС и Пенсионный фонд) индивидуальный предприниматель также может оплачивать дистанционно, через Интернет.