Здравствуйте.
Действительно, оформить контракт с рассрочкой платежа по 44-ФЗ можно, если обе стороны будут согласны пойти на такие условия.
При этом, согласно мнению Минфина России, изложенном в письме №02-02-09/1780 от 17 февраля 2015 года, процентную ставку по кредиту следует уже закладывать в начальную (максимальную) цену контракта, а не прописывать где-то отдельной строкой или в виде приложения.
То есть, НМЦК в этом случае будет включать непосредственно стоимость товара или выполненной услуги плюс проценты за пользование заёмными средствами.
Отдельного договора для рассрочки платежей подписывать сторонам не нужно. Зато стороны могут прописать непосредственно в "основном" договоре график платежей.
В данном случае Минфин считает, что рассрочка подпадает под понятие коммерческого кредита - и регулируется в этом случае статьёй 823 ГК РФ.
Решение о размере процентной ставки по рассрочке принимает заказчик товаров/услуг, руководствуясь при этом статьёй 22 Закона 44-ФЗ.