Исходя из общей формулировки вопроса, понимаю, что вы являетесь собственником квартиры, находящейся в обеспечении у банка, при этом на данное жилье распространяется право общей собственности супругов (если что-то не так, поправьте).
Если вы с супругой договорились оставить квартиру ей, это означает ваше согласие на отказ от своей части данного имущества, т.е. спорность ситуации отсутствует и какие-либо претензии в части возврата уплаченных по кредиту денежных средств, становятся несостоятельными. В данном случае вопрос возврата денег целесообразнее урегулировать соглашением о разделе имущества, если это возможно, конечно.
В противном случае - раздел имущества в судебном порядке. В данном случае, да, есть вероятность вернуть средства, хотя не факт (от второй стороны зависит) - предметом спора является недвижимость, и за одним из супругов могут просто признать право собственности на 1/2.