Здравствуйте.
Список тех объектов результатов интеллектуальной деятельности, которые охраняются законом, приведён в ст. 1225 ГК РФ. В частности, там есть пункт "2) программы для электронных вычислительных машин (программы для ЭВМ)" - это, видимо, ваш случай.
А то, что можно запатентовать, описано в ст. 1349 ГК РФ.
Если вкратце, то нужно правильно оформить заявку, подать её в Роспатент и дождаться рассмотрения.