Можете подать заявление на использование УСН как вместе с пакетом документов на создание ООО, так и после регистрации ООО в течении 30 дней. Если вы уверены, что будете точно УСН применять, то подавайте сразу. Если не уверены, то можете в течении месяца подать после регистрации.