Порядок пересечения границы РФ и Беларуси

#1
Здравствуйте! Очень хотелось бы узнать о порядке пересечения границы РФ и Беларуси. Я планирую полететь (из Ташкента(гражданин Узбекистана)) в Минск через Санкт-Петербург.Прилёт в Питер и вылет в Минск в один день.
В аэропорту нужно будет заполнять миграционную карту. По российскому законодательству иностранный гражданин имеет право находиться в РФ не более 90 суток. В Минске в течении этого периода времени я планирую
получить разрешение на временное проживание и работу. И продлить своё пребывание на территории Беларуси до года.
Вопрос таков - если я на легальных основаниях буду находиться в Беларуси (в течении года) , не возникнет ли проблем с ФМС РФ когда я буду возвращаться обратно в Ташкент таким же рейсом Минск-Питер-Ташкент?
Ведь получается что я отмечусь сначала в Питере,потом пройдет год в Минске, затем поеду обратно, а на территории России окажется что я превысил те самые разрешенные 90 дней? Или же нужно предоставить документы доказывающие право на пребывании в Беларуси? Или я заблуждаюсь? Прошу разъясните пожалуйста.