У Вас НКО или другая правовая форма? Если НКО, то действительно ликвидация происходит путем подачи иска, заинтересованными лицами, в районный суд.
№7-ФЗ "О НКО"
Статья 19. Порядок ликвидации некоммерческой организации
1. Ликвидационная комиссия помещает в органах печати, в которых публикуются данные о государственной регистрации юридических лиц, публикацию о ликвидации некоммерческой организации, порядке и сроке заявления требований ее кредиторами. Срок заявления требований кредиторами не может быть менее чем два месяца со дня публикации о ликвидации некоммерческой организации.
2. Ликвидационная комиссия принимает меры по выявлению кредиторов и получению дебиторской задолженности, а также уведомляет в письменной форме кредиторов о ликвидации некоммерческой организации.
3. По окончании срока для предъявления требований кредиторами ликвидационная комиссия составляет промежуточный ликвидационный баланс, который содержит сведения о составе имущества ликвидируемой некоммерческой организации, перечне предъявленных кредиторами требований, а также о результатах их рассмотрения.
Промежуточный ликвидационный баланс утверждается учредителями (участниками) некоммерческой организации или органом, принявшим решение о ее ликвидации.
4. Если имеющиеся у ликвидируемой некоммерческой организации (за исключением частных учреждений) денежные средства недостаточны для удовлетворения требований кредиторов, ликвидационная комиссия осуществляет продажу имущества некоммерческой организации с публичных торгов в порядке, установленном для исполнения судебных решений.
и недостаточности у ликвидируемого частного учреждения денежных средств для удовлетворения требований кредиторов последние вправе обратиться в суд с иском об удовлетворении оставшейся части требований за счет собственника этого учреждения.
5. Выплата денежных сумм кредиторам ликвидируемой некоммерческой организации производится ликвидационной комиссией в порядке очередности, установленной Гражданским кодексом Российской Федерации, в соответствии с промежуточным ликвидационным балансом начиная со дня его утверждения, за исключением кредиторов третьей и четвертой очереди, выплаты которым производятся по истечении месяца со дня утверждения промежуточного ликвидационного баланса.
6. После завершения расчетов с кредиторами ликвидационная комиссия составляет ликвидационный баланс, который утверждается учредителями (участниками) некоммерческой организации или органом, принявшим решение о ликвидации некоммерческой организации.
В принципе как обычно подаются документы: бух. документы, бух документы самой НКО, ИНН, ОГРН (копии соответственно заверяются).
Ликвидация фонда производится по общим правилам закрытия любого юридического лица с учетом предусмотренных законом особенностей. Добровольная ликвидация фонда не предусмотрена российским законодательством. Ликвидировать фонд может только суд, в ходе рассмотрения заявления от заинтересованных лиц.
Подайте в суд (районный или городской) по месту регистрации фонда исковое заявление с требованием о ликвидации. К заявлению приложите основной пакет документов, регулирующих деятельность фонда (уставные документы, свидетельства о регистрации, состояние налоговой базы, данные об имущественном состоянии фонда, выписка и пр.). Правом подать исковое заявление пользуются как заинтересованные лица (например, учредители фонда), так и соответствующие государственные органы, контролирующие деятельность фонда (в данном случае речь будет идти о процедуре принудительной ликвидации).
В качестве основания своего требования укажите одно из следующих: недостаток имущественного обеспечения для выполнения целей, стоящих перед фондом; недостижимость целей, стоящих перед фондом, и невозможность их изменения; уклонение фонда от выполнения поставленных перед ним целей; прочие законодательно обоснованные основания (например, банкротство фонда, допущение грубых нарушений законодательства РФ и пр.).
В ходе рассмотрения иска, суд принимает решение о признании фонда подлежащим ликвидации и устанавливает сроки осуществления процедуры ликвидации. Судом же назначается ликвидационная комиссия.