Ликвидация филиала

#1
Здравствуйте, форумчане!
В 2000 году филиал организации проходил процедуру ликвидации. А в 2011 году налоговая служба утверждает, что филиал не был закрыт. Получая выписки из ЕГРЮЛ сведений о филиале нет. Также в 2002 году получили уведомление о возможности применения УСН. А в 2005 году прошли налоговую проверку, которая не оспаривала применение данного спец.режима. Документов, подтверждающих, что мы уведомили налоговый орган о закрытии филиала нет. Как нам доказать свою правоту?
 
#3
Должна быть расписка о получении налоговой уведомления иначе ссылаться только на выписку из ЕГРЮЛ