Здравствуйте. Рекомендую вам зарегистрироваться на сайте арбитр.ру и подавать документы с помощью него. Это очень удобно и вам, и суду. Логичным было бы подать исковое заявление, дождаться, пока суд его примет к производству, а потом подать ходатайство об истребовании доказательств. Ведь суд сам может позаботится об истребовании доказательств в своём определении, а может и не принять исковое заявление вовсе. Именно поэтому удобнее подавать документы "онлайн". Если вы всё же направляете иск по почте, закон не запрещает вместе с исковым заявлением подать ходатайство об истребовании доказательств, направив его ответчику. Если всё направляете одним письмом, то нужно указать ходатайство в приложении, если разными письмами, то нет.