Millini, добрый вечер.
1. Подготавливаются изменения в Устав учреждения.
2. После того, как эти изменения будут утверждены, подается в ФНС ф.13001.
Сам же порядок проведения реорганизации бюджетных учреждений (в т.ч. и сроки, документальное оформление, бух.проводки и т.д.) должен утверждаться и разъясняться учредителем. Т.е. такой порядок прописывается на местном уровне.
Если передача активов и обязательств учреждения будет выполняться в собственность другого уровня бюджета, то нужно руководствоваться разъяснениями, которые даны в совместном письме Минфина России и Казначейства России от 03.09.2012г. №02-03-09/3502, №42-7.4-05/5.3-515.