в период брака имущество и кредиты считаются совместными, пока обратное не будет доказано.
В связи с чем супруге нужно будет подавать встречный иск (если муж подаст на раздел квартиры) о признании права собственности на квартиру за ней, и доказывать, что выплаты по ипотеке производила она в период раздельного проживания с мужем.
Но ей придется доказывать, что они с мужем фактически прекратили брачные отношния, что муж не участвовал в выплатах, жил в другом месте, материально не обеспечивал семью, что только она производила выплату.
Но опять же принимаются во внимание суммы, выплаченные при совместном проживании и при раздельном, срок непроживания с вами супруга, иные обстоятельства.
Вам лучше обратиться лично к юристу или адвокату, чтобы подготовить позицию, собрать документы, исходя из фактических обстоятельств и доказательств вашей ситуации, т.к. здесь будут только абстрактные ответы