Вы правы, проблема действительно есть. В МИФНС №46, до недавнего времени, всем отказывали в выдачи дубликатов листов записи в ЕГРЮЛ, ссылаясь на Постановление Правительства Российской Федерации N 462, вступившего в силу с 29 мая 2014 г. Но по последним данным, с 4 августа текущего года, дубликаты листов записи в 46-й стали выдавать вновь, из-за многочисленных жалоб в ФНС. Сколько это продлится, я не знаю, так что поторопитесь с их получением.