"тогда как понять этот пункт?"
Если обязанность предоставить отпуск до истечения 6 мес. предусмотрена ТК и\или иным федеральным законом.
Н-р, мужу - во время отпуска по беременности и родам жены (см. ч.4 ст.123 ТК),
работники в возрасте до 18 лет, участники ВОВ, герои России, участники ликвидации аварии на Чернобыльской АЭС и т.д.
Если "такой отпуск одобрен руководством", то оплата отпуска должна производиться не "с одобрения руководства", а в силу закона - выплата отпускных должна быть произведена не менее чем за 3 дня до начала отпуска. Невозможно договориться ЕОо сейчас, а оплата его потом, по мере "отработки".
Если отпуск дают, то и оплачивают. Иначе - нарушение ТК, "договоренность" ответственности с работодателя не снимает.
Поскольку оплачивать "авансом" Вам не хотят, и процедура "предоставить отпуск в счет будущего" законом не предусмотрена, то вам и предложили компромисс - получить отпуск без сохранения заработной платы.