Витюшин, за выплаты работнику и отчисления в фонды по данным выплатам, т.е. по заработной плате по трудовому договору отвечает работодатель.
За выплаты в фонды за доход от предпринимательства отвечаете по-прежнему Вы.
Это как если было бы у вас 2 работодателя - по основной работе и совместительство: каждый работодатель отвечает "за свой участок". То, что Вы ИП, не снимает обязательства от работодателя исполнять свои обязанности по перечислению в бюджет за Вас, как работника.