При подаче документов в Минздрав области, специалисты проверяют документы, после чего выезжают на место (т.е. в помещение где будет распологаться аптека) и смотрят состояние, также смотрят метраж помещения. Попробуйте увеличить площадь.
Документы необходимые для получения лицензии перечислены в 99-ФЗ "О лицензировании отдельных видов деятельности".