Конечно все денежные операции лучше проводить в момент заключения и регистрации договора купли-продажи квартиры. Как будет происходить оплата, наличным способом или безналичным, решать вам.
Собираете все необходимые документы, составляете договор купли-продажи, идете в росреестр и осуществляете два действия: государственную регистрацию договора и регистрацию перехода прав собственности. По окончанию регистрации на оба экземпляра договора ставится соответствующая печать, а покупатель получает Свидетельство о праве собственности на объект недвижимости.
Если вы сомневаетесь что сможете самостоятельно все сделать,то лучше обратиться к профессиональному юристу.