Здравствуйте.
Отмечу, что вместе с тем, если вы, как налогоплательщик, получаете другие доходы, облагаемые налогом по "стандартной" ставке 13%, то вы имеете право уменьшить сумму таких доходов на размер предусмотренных законодательством налоговых вычетов.
Если раньше вы были на общей системе, то и речь при подаче документов на вычеты должна идти только о том периоде и о тех доходах, налоги с которых были уплачены вами по ставке 13%.В случае, если вы считаете, что со стороны ФНС ваши права нарушены, подавайте иск в суд - точнее, в арбитражный, как указал коллега.