Здравствуйте.
Действительно, подобные ситуации встречаются довольно часто.
Согласно абзаца 2 п. 8 ст. 37 Федерального закона от 08.02.1998 №14-ФЗ , решения в том числе по вопросу ликвидации ООО должно приниматься всеми участниками общества единогласно. Соответственно, если один из учредителей против, то пойти против его воли у вас не получится. Но можно договориться с ним - например, выкупить его долю.