Доброго времени суток.
Да уж, попали Вы не в простую ситуацию. Да и посоветовать Вам что-либо однозначное сложно, поскольку информации Вы предоставили до безобразия мало.
Какие были начальные условия аукциона? Что отражено в предоставленной Вами, как заказчиком, документации? Какую организацию, с позиции организационно-правовой формы, Вы представляете? По итогам какой именно процедуры был заключен контракт? Вопросов много.
В любом случае, стоит исходить из следующего. В случае, если контракт уже заключен и исполняется "исправить" ошибку уже нельзя. Документ зарегистрирован неоднократно и сведения о не размещены в открытом доступе. Единственный предусмотренный законом способ - заключение дополнительного соглашения. При этом с тексте соглашения необходимо будет указать изменяемый пункт и содержание изменений. На практике сделать это крайне сложно и, более вероятно, что Вам придется расторгнуть уже заключенный договор. Лучше это сделать по взаимному соглашению, поскольку в противном случае на заказчике будет лежать обязанность по возмещению причиненных исполнителю убытков.