С учетом того, что речь идет об имущественном вычете, предусмотренном в ч.1 ст.220 НК РФ, то его заявлять можно.
Суть данного вычета такова, что если вы продали земельный участок и данная сделка не освобождается от обложения НДФЛ в соответствии с п.17.1 ст. 217 НК РФ (например Вы владели участком в течение срока ниже максимально предельного, то есть менее 5 лет либо 3 лет, если в ст.217.1 НК РФ оговорен сокращенный), то Ваш доход облагается НДФЛ, но Вам предоставляется льгота (либо вычет в размере 1 млн. руб. для объектов недвижимости, либо право вычесть из суммы НДФЛ расходы, связанные со сделкой.
Если Вы владели участком менее максимально предельного срока и Ваш доход подлежит налогообложению, вычет использовать несомненно стоит.
Хочу обратить внимание вот на что. Если и сделка, и государственная регистрация имели место в 2015 году, применяется старая редакция ст. 217.1 НК РФ и максимально предельный срок владения составляет во всех случаях 3 года, не зависит от способа приобретения права собственности на реализованное имущество.
Если государственная регистрация имела место уже в 2016 году, применяется новая редакция ч.3 ст.217.1 НК РФ
3. В целях настоящей статьи минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества составляет три года для объектов недвижимого имущества, в отношении которых соблюдается хотя бы одно из следующих условий:
1) право собственности на объект недвижимого имущества получено налогоплательщиком в порядке наследования или по договору дарения от физического лица, признаваемого членом семьи и (или) близким родственником этого налогоплательщика в соответствии с Семейным кодексом Российской Федерации;
2) право собственности на объект недвижимого имущества получено налогоплательщиком в результате приватизации;
3) право собственности на объект недвижимого имущества получено налогоплательщиком - плательщиком ренты в результате передачи имущества по договору пожизненного содержания с иждивением.
4. В случаях, не указанных в пункте 3 настоящей статьи, минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества составляет пять лет.
А чем вызваны сомнения заявлять вычет или нет? Есть намерение заплатить налог со всей стоимости участка? Кстати, если в свое время купили участок более чем за 1 млн. рублей есть все документы, подтверждающие расходы в связи с приобретением, целесообразно не заявлять вычет, а уменьшить доход на сумму расходов.
