Птичка ставится на первом листе формы 13001 при приведении устава в соответствие с 312-ФЗ, то есть, это приведение в соответствие нужно было сделать еще в 2009 году. Если приводите устав в соответствие с 99-ФЗ, то птичку ставить не требуется. Достаточно просто оговорить данный момент в решении или в протоколе ОСУ и приложить его к 13 форме.