Нет.
Подобное регулируется премиальной системой оплаты труда, т.е. прописывается в каком размере работник может получить премию и при каких условиях. А вот в качестве условия начисления и выплаты премии (определенного размера) и можно прописать: при соблюдении дисциплины труда, техники безопасности, охраны труда и т.д., и т.п.
Т.е. за нарушение должностных обязанностей вы не штрафуете, а не выплачиваете (или выплачиваете в меньшем размере) премию. Процент (не)начисления можете определить в ЛНА.
По факту, возможно, получится то на то, как если бы оштрафовали, но второй способ как раз законный, поскольку производите не удержание с з.п. (перечень удержания ограничен законом), а производите стимулирование работника (к окладу доплачиваете за безупречный труд).
Т.е. не большой оклад, а от него минусовать, а меньший оклад, но к нему плюсовать размер премии.
Что касается порчи инструментов - этому посвящена глава "материальная ответственность работника". Так прописывается порядок привлечения к мат.ответственности, опять же, это происходит не через систему штрафа, а возмещение конкретного размера ущерба.